Thomas Sankara s’est engagé pour les droits des femmes du Burkina et les considérait comme le fondement du développement de la société burkinabée. Il est le premier chef d’Etat africain à avoir mis la violence des mutilations à l’ordre du jour des questions politiques et dénoncé clairement ses motivations.

Le sol nourricier de cette violence est le climat social, dans lequel les femmes sont considérées comme un bien de propriété et comme des produits commerciaux. Elles doivent répondre aux exigences des hommes qui les menacent et exercent sur elles une violence directe. Afin de pouvoir sur une période aussi longue maintenir une violence d’une telle portée, il faut une justification idéologique comme prérequis et comme instrument de poids. Les justifications à cette pratique varient selon l’ethnie et la région:

• L’honneur de la famille est lié à la sexualité des filles et étant donné que la libido féminine est sans cesse déchainée, elle doit être contrôlée. La mutilation des parties génitales doit garantir que les jeunes filles n’aient aucune envie de relations sexuelles avant le mariage et qu’elles ne tombent enceinte. Une jeune fille dont la virginité et la chasteté sont douteuses n’est tout simplement pas bonne à marier. Dans les interviews, les femmes déclarent souvent que l’envie des hommes est plus grande lorsque les parties génitales des femmes sont mutilées.
   
• Le plus souvent, les mutilations génitales sont élevées au rang d’obligation religieuse. Très peu de leaders religieux condamnent cette violence, certains en revanche font de cette pratique un acte de décision personnelle. Cependant la plupart, du haut de leur autorité, plaident ouvertement pour son maintien.
   
• Dans les sociétés qui pratiquent la mutilation, elle est en outre considérée comme tradition incontournable qui doit être maintenue pour satisfaire les ancêtres.
   
• Le plus souvent la pratique est justifiée par des représentations esthétiques: les jeunes filles sont considérées comme "pures" et "belles" quand elles subissent l’ablation de certaines parties de leur corps. Des organes sexuels féminins devraient être supprimés parce qu’ils sont laids, dégagent des mauvaises odeurs et croitraient indéfiniment.
   
• Selon certains mythes médicaux le clitoris tue l’enfant lors de l’accouchement et rend l’homme stérile. On prétend aussi que les mutilations facilitent l’accouchement et augmentent la fertilité des femmes.