Die Opfer erleiden während der Übergriffe sehr häufig Schockzustände durch Todesangst, extreme Schmerzen und unkontrollierbare Blutungen. Die meist unhygienischen Umstände verursachen Infektionen der Harnwege, der Gebärmutter und Eierstöcke. Infektionen wie Wundstarrkrampf (Tetanus), Wundbrand und allgemeine Blutvergiftung können zum Tod führen. Harnverhalt durch Angst vor Schmerzen sowie Entzündungen und Schwellungen treten oftmals nach der Verstümmelung auf. Zusätzliche Gewaltanwendung (wie Festhalten, Schläge, Knebeln) während der Prozedur führt häufig zur Verletzung benachbarter Organe (wie Harnröhre, Vagina, Damm oder Mastdarm) und Frakturen, etwa Brüche der Schlüsselbeine, der Arme oder der Oberschenkel.

Durch nichtdehnbares Narbengewebe und Verengung der Vaginalöffnung kommt es häufig zu einer gefährlich verlängerten Austreibungsphase. Durch Sauerstoffmangel sterben viele Kinder oder erleiden Hirnschädigungen. Die Mütter haben - neben unnötig großen Schmerzen - ein hohes Risiko für Wund- und Harnwegsentzündungen, Sepsis sowie Blutungsrisiko bei Defibulation und Re-Infibulation. Sehr häufig kommt es zu Geburtsverletzungen, wie schweren Damm- und Urethralrissen oder Fisteln.

Fisteln entstehen, wenn der Kopf des Babys länger mit Wucht gegen das Becken drückt und die Blutzirkulation unterbrochen wird. Das Gewebe stirbt ab und hinterlässt ein Loch zwischen Vagina und Blase, teilweise auch dem Rektum. In der Folge können Ausscheidungen nicht mehr zurückgehalten werden, es kommt zu schwerster Inkontinenz. Können die Frauen ihre Ausscheidungen nicht mehr kontrollieren, ist das eine enorme soziale Belastung, die - ebenso wie Unfruchtbarkeit oder Totgeburten - häufig zu einem Ausschluss aus der Gesellschaft führt.